Aly Cissokho a débuté sa carrière à Gueugnon. Après deux saisons chez les forgerons, il tente sa chance au Portugal au Vitoria Setubal. Au bout de 6 mois et 13 matchs il est repéré par le FC Porto et devient Champion de Portugal et remporte la Coupe du Portugal (2009).
L'an dernier, il a disputé 15 matchs de championnat et 4 matchs de Ligue des Champions avec le club portuguais.